I 2005 stevnet flere av organisasjonene, deriblant MFO, staten for Arbeidsretten, for å få løst en tvist om hvorvidt tidligere retningslinjer om fordeling mellom tid til undervisning og tid til forskning var en underliggende forutsetning for denne særavtalen. Organisasjonene vant ikke fram med sin påstand, og sammen med de fleste andre organisasjonene sa MFO opp avtalen til bortfall fra 1.8.2006.
For de organisasjonene som ikke sa opp avtalen, vil den fortsatt gjelde til 1.8.2006, da den er sagt opp av Kunnskapsdepartementet.
Særavtalen regulerte bl.a. arbeidstid og overtid, og åpnet for en del unntak fra arbeidsmiljøloven og hovedtariffavtalen i staten. For medlemmene i de organisasjonene som hadde sagt opp avtalen, gjaldt dermed amls og HTAs bestemmelser fullt ut fra 1.8. i år, mens arbeidsgiverne fortsatt kunne praktisere de mer liberale arbeidstidsbestemmelsene for medlemmene i de øvrige organisasjonene.
Dette har skapt uønsket forskjellbehandling og uklarheter. De "gamle" partene i særavtalen har derfor i nye forhandlinger med departementet blitt enige om å praktisere avtalens bestemmelser for alle ansatte fram til 1.8.2007. Se også kopi av protokollen og departementets brev til universitetene og høgskolene.
Men fordi den nye arbeidsmiljøloven som gjelder fra 1.1.2006 ikke lenger gir noe generelt unntak fra lovens arbeidstidsbestemmelser for undervisningsarbeid, kan særavtalens bestemmelser nå bare praktiseres for ansatte med "en særlig uavhengig stilling", jf ny aml § 10-12. Denne situasjonen ble forsøkt klargjort i videre drøftinger mellom (alle) berørte organisasjoner og departementet. Se kopi av referatet fra drøftingene og nytt brev fra departementet til universitetene og høgskolene. MFO var av praktiske grunner representert av NTL i disse drøftingsmøtene, etter at LO-forbundene hadde samordnet sine synspunkter.
Som det går fram av referatet er departementet og organisasjonene uenige om hvilke arbeidstakere om hvilke stillinger som er ”særlig uavhengige stillinger”, og som dermed kan unntas fra arbeidsmiljølovens arbeidstidsbestemmelser. Etter departementets oppfatning faller ansatte med en betydelig FoU-andel inn under denne gruppen. MFO og de andre organisasjonene er uenige i dette, og mener at alle vitenskapelig ansatte med undervisningsplikt er omfattet av arbeidstidskapittelet i den nye arbeidsmiljøloven. Vi har også presisert at det kun er Arbeidstilsynet som kan avgjøre dette spørsmålet.
Med hensyn til omfanget av avtalt merarbeid er departementet og organisasjonene enige om at særavtalens grense på 300 timer pr år ikke lenger kan opprettholdes uten å bryte arbeidsmiljøloven. Fra nå av blir grensen på 117,5 timer merarbeid pr år for ansatte i hel stilling.
Videre er departementet og organisasjonene enige om at:

I referatets siste avsnitt innskjerpes det for øvrig at særavtalen ikke hjemler avvik fra statens ordinære avtaleverk, ut over de konkrete bestemmelsene i særavtalen.